高新技术企业申报流程的程序如下：
1.自我评价。企业应对照《认定办法》第十条进行自我评价。认为符合条件的在“高新技术企业认定管理工作网”。
2.注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》(附1)，并通过网络系统上传至认定机构。
认定机构应及时完成企业身份确认并将用户名和密码告知企业。
3.准备并提交材料。企业根据获得的用户名和密码进入网上认定管理系统，按要求将下列材料提交认定机构：
(1)《高新技术企业认定申请书》;
(2)企业营业执照副本、税务登记证书(复印件);
(3)经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用(实际年限不足三年的按实际经营年限)、近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计报告;
(4)经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表(含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限);
(5)技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明(查新)材料、产品质量检验报告，省级(含计划单列市)以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。
4.组织审查与认定
(1)认定机构收到企业申请材料后，按技术领域从专家库中随机抽取不少于5名相关专家，并将电子材料(隐去企业身份信息)通过网络工作系统分发给所选专家。
(2)认定机构收到专家的评价意见和中介机构的专项审计报告后，对申请企业提出认定意见，并确定高新技术企业认定名单。
上述工作应在收到企业申请材料后60个工作日内完成。
5.公示及颁发证书
经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格;公示无异议的，填写高新技术企业认定机构审批备案汇总表，报领导小组办公室备案后，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”(加盖科技、财政、税务部门公章)。
6.高新技术企业资格自颁发证书之日起生效，有效期为三年。
知识产权、科技成果转化能力、研究开发的组织管理水平、成长性指标等四项指标，用于评价企业利用科技资源进行创新、经营创新和取得创新成果等方面的情况。该四项指标采取加权记分方式，须达到70分以上(不含70分)。
