一、  土地增值税的清算程序 
土地增值税的清算程序大体分为六步： 
1.清算前的准备工作； 
 2.清算项目收入总额的计算及《土地增值税清算项目销售收入汇总表》的编制；
  3.扣除项目金额的计算及《扣除项目成本费用计算表》的编制；
  4.土地增值税应纳税额的计算及《土地增值税纳税申报表》的编制；
  5.土地增值税的审计鉴证；
  6.土地增值税的申请清算。

 二、清算前的准备工作  
土地增值税的清算，包含的时间范围比较长，清算涵盖的内容比较宽，而且，对清算涉及的原始凭证要求严格，没有凭证不得扣除。这就要求纳税人从清算的依据，到将来提供的清算资料都需要做充分的准备。大体包括：
  (一）清算范围的界定：
 1.明确清算项目及其范围。  
2.正确划分清算项目与非清算项目的收入和支出。
  3.正确划分清算面积和非清算面积（待售面积）。 
 4.按照当地省级人民政府制定的“普通标准住宅”标准，正确划分清算项目中普通住宅与非普通住宅的收入和支出。
  5.正确划分不同时期的开发项目，对于分期开发的项目，以分期开发项目为单位进行清算（或以《土地增值税项目登记表》为依据）。   6.正确划分征税项目与免税项目，防止混淆两者的界限。  7.明确清算项目的起止日期。 
（二）应当搜集、整理如下资料：  1.取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让或转让合同。
 2.开发项目工程建设发包合同、工程决算书及其价款结算单、发票等。 
 3.银行借款合同及借款计息清单。  
4.转让房地产项目成本费用账簿、分期开发分摊依据，与成本和费用有关的其他证明资料。 
  5.无偿移交给政府、公共事业单位用于非营利性社会公共事业的交接凭证。
  6.与转让房地产收入有关的其他证明资料，为编制《房产销售收入统计表》做准备。
  7.与转让房地产有关的完税凭证，为编制分税种的《缴纳税款统计表》准备资料。 
  8.项目竣工决算报表和有关账簿。
9.土地增值税纳税（预缴）申报表及完税凭证。 
10.与土地增值税清算有关的其他证明资料。
三、清算项目销售收入的计算  
（一）商品房销售合同与销售发票核对，特别要注意合同面积和实测面积。
（二）销售发票与“主营业务收入”明细账、总账的核对。 
（三）正确划分预售收入与销售收入，并与《预售收入备查簿》核对，防止影响清算数据的准确性。 
（四）将开发的房地产用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应当做视同销售房地产处理，编制《开发产品视同销售明细表》。 
（五）复核销售退回、折扣销售与销售折让业务相关手续是否符合规定，折扣与折让的计算和会计处理是否正确。
（六）复查“预收账款”、“其他应付款”有无应结未结收入的业务。
（七）分房产类别编制《土地增值税清算项目销售收入汇总表》。
四、扣除项目的计算 
（一）扣除项目计算的程序 
1.计算扣除项目之前，应复核“开发成本”成本项目的划分是否符合税法的规定，如果有差异，应按照税法要求加以调整。 
 2.检查扣除项目的记录、归集是否正确，是否取得合法、有效的凭证，会计及税务处理是否正确；如果没有合法凭证应提请公司补齐有关凭证。 
3. 对“开发成本”、“开发产品”总账、明细账进行核对。
4.计算清算项目的《开发产品成本明细表》。 
5.编制清算面积的《扣除项目成本费用计算表》。 
（二）成本项目计算要点 
 1.取得土地使用权支付的金额。 
（1）原始凭证审核，取得土地使用权支付的金额是否获取合法有效的凭证，口径是否一致。
 （2）如果同一土地有多个开发项目，审核取得土地使用权支付金额的分配比中有没有关联方或关联项目的费用、有没有期间费用、有没有预提费用。
2.土地征用及拆迁费。 
（1）审核支付给个人的拆迁补偿款所需的拆迁（回迁）合同和拆迁补偿花名册，并与相关账目核对。 
（2）拆迁费有无合法凭证。 
（3）动迁还建的开发产品是否做拆迁和销售两项业务进行处理。
（4）取得土地使用权后分期开发土地费用的分摊是否合理。 取得土地使用权所支付金额的分摊方法是：  纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发，转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。  
①转让土地使用权时土地费用的分摊：  土地使用权扣除项目金额＝取得土地使用权所支付的金额×（转让土地使用权面积÷总面积） 
 ②转让房地产时土地费用按建筑面积分摊：
 土地使用权扣除项目金额＝取得土地使用权所支付的金额×（转让建筑面积÷建筑总面积） 
3.前期工程费。 
（1）开支范围是否属于前期工程费，有无乱摊费用情况。
（2）费用支出的原始凭证是否符合规定。 
4.建筑安装工程费。 
（1）自营方式：审核施工所发生的人工费、材料费、机械使用费、其他直接费和管理费支
出是否取得合法有效的凭证，会计处理是否符合规定。 
（2）出包方式：审核工程发包合同、工程决算书、发票及账务处理是否符合规定。 
（3）甲供材料的核算：甲方采购材料是否取得合法有效的凭证，增值税额是否计入材料成本，出入库手续是否完备。 
 5.基础设施费和公共配套设施费的审查与核算。 
（1）审核各项基础设施费和公共配套设施费用是否取得合法有效的凭证。基础设施费和公共配套设施费的核算范围是否符合税法的规定，有无把开发企业自用或经营性的开发产品计入公共配套设施费的情况。 
（2）如果有多个开发项目，基础设施费和公共配套设施费用是否分项目核算，是否将应记入其他项目的费用记入了清算项目。 
（3）审核各项基础设施费和公共配套设施费用是否含有其他项目的费用。 
（4）审核各项基础设施费和公共配套设施费用是否含有以明显不合理的金额开具的各类凭证。 
（5）审核是否将期间费用记入基础设施费和公共配套设施费用。
 （6）审核有无预提的基础设施费和公共配套设施费用。 
（7）获取项目概预算资料，比较、分析概预算费用与实际费用是否存在明显异常。
 （8）审核基础设施费和公共配套设施应负担各项开发成本是否已经按规定分摊。 
（9）各项基础设施费和公共配套设施费的分摊是否符合有关税收规定。分摊方法如下：基础设施费和公共配套设施费用按可售面积分摊： 属于多个房地产项目共同的成本费用，应按清算项目可售建筑面积占多个项目可售总建筑面积的比例或其他合理的方法，计算确定清算项目的扣除金额。 以下内容需要回复才能看到  多个项目共同成本费用分摊公式：  清算项目可扣除金额＝共同成本费用×（清算项目可售面积÷多个项目可售总面积）
  6.开发间接费用的审核，应当包括下列内容： 
（1）开发间接费核算范围审核：为直接组织、管理房地产开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
（2）审核各项开发间接费用是否取得合法有效凭证。 
（3）如果有多个开发项目，开发间接费用是否分项目核算，是否将应记入其他项目的费用记入了本清算项目。 
（4）审核各项开发间接费用是否含有其他企业的费用。 
（5）审核各项开发间接费用是否含有以明显不合理的金额开具的各类凭证。
（6）审核是否将期间费用记入开发间接费用。
（7）审核有无预提的开发间接费用。 
（8）审核为管理和组织全公司经营活动而发生的管理费用、销售费用是否在本项目中予以剔除。 
（9）在计算加计扣除项目基数时，审核是否剔除了已计入开发成本的借款费用。
（三）开发费用的计算 
1.利息支出的审核： 
（1）审核各项借款合同判断其相应条款是否符合有关规定。
（2）审核各项借款费用是否取得合法有效的凭证。 
（3）如果有多个开发项目，借款费用是否分项目核算，是否将应记入其他项目的借款费用记入了本清算项目。  （4）利息是否超过按商业银行同类同期贷款利率，对于逾期贷款的利息和加罚的利息不允
许扣除。   2.核算方法的确定：  （1）利息支出不能够按转让房地产项目计算分摊或提供金融机构证明的，审核其利息支出是否按税法规定的比例计算扣除。  （2）开发项目的利息支出能够按转让房地产项目分摊并提供金融机构证明的，可以据实扣除。  （四）与转让房地产有关的税金审核  1.应当确认与转让房地产有关的税金及附加扣除的范围是否符合税收有关规定。  2.计算的扣除金额是否正确，与完税凭证核对一致。  3.不得重复计算印花税。   4.编制分税种的《缴纳税款统计表》。  （五）计算扣除项目时不得加计扣除的规定  1.对取得土地（不论是生地还是熟地）使用权后，未进行任何形式的开发即转让的，计算扣除项目金额时，不得加计扣除。  2.对于取得土地使用权后，仅进行土地开发（如“三通一平”等），不建造房屋即转让土地使用权的，是否按税收规定计算扣除项目金额，是否按取得土地使用权时支付的地价款和开发土地的成本之和计算加计扣除。   3.对于取得了房地产产权后，未进行任何实质性的改良或开发即再行转让的，计算扣除项目金额时，不得加计扣除。   4.对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取，计算扣除项目金额时，不得加计扣除。 五、土地增值税的计算   （一）土地增值税应纳税额的试算  1.分类计算：按照经济适用房、普通标准住宅、非普通标准住宅、商业用房、车库等分别计算应交土地增值税额。   2.综合计算：将所售房产不分类别，统一计算应交土地增值税额。 将两种计算结果比较，选其税负较低者。 （二）土地增值税纳税申报表的填报。   六、土地增值税的鉴证   （一）鉴证中介机构的选择  税务总局指定土地增值税的审计鉴证业务由注册税务师事务所来承担。纳税人在选择鉴证机构时，要选择一个资信好的、业务水平较高的、税务机关信得过的税务师事务所。这样的事务所出具的鉴证报告容易被主管税务机关审核通过。 （二）鉴证报告的基本内容  1.标题：统一规范为“土地增值税清算税款鉴证报告”。  2.收件人：一般是指鉴证业务的委托人。  3.引言段。   4.审核过程及实施情况。   5.鉴证结论或鉴证意见。注册税务师应当根据鉴证情况，提出鉴证结论或鉴证意见，并确认出具鉴证报告的种类。  6.鉴证报告的其他要素，税务师事务所所长和注册税务师签名或盖章等。
（三）鉴证结论的采信  税务机关要对从事土地增值税清算鉴证工作的税务中介机构在准入条件、工作程序、鉴证内容、法律责任等方面提出明确要求，并做好必要的指导和管理工作。 税务中介机构受托对清算项目审核鉴证时，应按税务机关规定的格式对审核鉴证情况出具鉴证报告。对符合要求的鉴证报告，税务机关经审核确认后可以采信。? 七、纳税人办理土地增值税清算应报送以下资料：?   （一）房地产开发企业清算土地增值税书面申请、土地增值税纳税申报表。?  （二）与转让房地产收入、成本和费用有关的证明资料： 1.项目竣工决算报表；   2.取得土地使用权所支付的地价款凭证；  3.国有土地使用权出让合同；  4.银行贷款利息结算通知单；  5.项目工程合同结算单；  6.商品房购销合同统计表等。  （三）纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。  （四）主管税务机关要求报送的其他与土地增值税清算有关的证明资料等。