根据《关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》（财税〔2000〕91号）和《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户、个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税〔2008〕65号）、《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户业主 个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知》(财税〔2011〕62号)的规定，现将个人独资企业和合伙企业个人所得税年度申报和汇算清缴相关政策指引整理如下，以供纳税人参照学习。 

一、税率 
       实行查账征税办法的，其税率比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。实行核定征收方式的，先按照应税所得率计算其应纳税所得额，再按其应纳税所得额的大小，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。 
投资者兴办两个或两个以上企业的（包括参与兴办），年度终了时，应汇总从所有企业取得的应纳税所得额，据此确定适用税率并计算缴纳个人所得税。 

二、查账征收应纳个人所得税的计算 
个人独资企业和合伙企业应纳税所得额，等于每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人生产经营所得， 
    （一）收入总额 
      收人总额是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营运业外收入。 
    （二）扣除项目 
      扣除项目比照《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》（国税发〔1997〕43号）的规定确定，但下列项目的扣除依照以下规定执行： 
      1、从2011年9月1日起，投资者的费用扣除标准为每月3500元。投资者兴办两个或两个以上企业的，费用扣除标准由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除。投资者的工资不得在税前扣除。
      2、个人独资企业和合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。 
      3、个人独资企业和合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2%、14%、2.5%的标准内据实扣除。 
      4、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入15%的部分，可据实扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。 
      5、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。 
      6、投资者及其家庭发生的生活费用不允许在税前扣除。投资者及其家庭发生的生活费用与企业生产经营费用混合在一起，并且难以划分的，全部视为投资者个人及家庭发生的生活费用，不允许在税前扣除。 
      7、企业计提的各种准备金不得税前扣除。
    （三）亏损弥补 
      1、企业的年度亏损，允许用本企业下一年度的生产经营所得弥补，下一年度所得不足弥补的，允许逐年延续弥补，但最长不得超过5年。 
      2、投资者兴办两个或两个以上企业的，企业的年度经营亏损不能跨企业弥补。 
      3、实行查账征税方式的个人独资企业和合伙企业改为核定征收方式后，在查账征税方式下认定的年度经营亏损未弥补完的部分，不得再继续弥补。 
    （四）对外投资分回的利息或者股息、红利 
个人独资企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按比例确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。 
三、投资者兴办两个或两个以上企业应纳税额的计算办法 
个人投资两个或两个以上独资、合伙企业的，投资者个人应分别向企业实际经营管理所在地主管税务机关预缴个人所得税，年度终了后3个月内办理汇算清缴，区别以下不同情况分别处理，将企业的经营所得合并计算应纳税额，多退少补。
    （1）投资者兴办的企业全部是个人独资企业的，分别向各企业实际经营管理所在地税务部门办理年度纳税申报，并依其投资的全部个人独资企业的经营所得确定适用税率，以本企业实际生产经营所得为基础，计算应缴税款，办理汇算清缴。计算公式为： 
应纳税所得额＝各个独资企业应纳税所得额的合计数 
应纳个人所得税税额＝应纳税所得额×适用税率－速算扣除数 本企业投资者应纳税额＝应纳个人所得税税额×（本企业应纳税所得额÷各个独资企业应纳税所得额的合计数） 
本企业投资者应补缴个人所得税税额=本企业投资者应纳个人所得税税额－本企业投资者预缴个人所得税税额 
    （2）投资者兴办企业中有合伙企业的，将投资者在合伙企业中应分配的应纳税所得额与其投资于独资企业的应纳税所得额合并，确定应纳个人所得税税额。投资者应向经常居住地税务主管税务机关申报纳税，办理汇算清缴；对于经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，应由纳税人选定其参与兴办的某一合伙企业经营管理所在地办理汇算清缴，并且在5年内不得变更。5年以后需要变更的，或者汇缴企业所在地的所办企业停止经营的，投资者可向主管税务机关申请变更汇缴地点。计算公式为： 
应纳税所得额＝投资者从各个企业分得的经营所得之和 应纳税额＝应纳税所得额×税率－速算扣除数 
投资者应补缴的税额＝应纳税额－投资者各个企业预缴的税额之和