高新技术企业认定专项审计的风险主要是税务风险。在高新技术企业认定时税务机关实际上是不参与的，他们只是根据科技管理部门认定的资料备案。但一旦认定了就必然会有享受税收优惠的事实，如果事后因各种原因被发现是虚假的，那么税务机关和科技管理部门很可能会把责任推到出具高新技术企业认定专项审计报告的会计师事务所身上。

一、如何控制高新技术企业认定专项审计的风险

我们应当运用职业判断，以质疑的思维方式评价所获取证据的有效性，确定专项审计时需要特别考虑的重大错报风险。如：

1.申报企业管理层存在为了申请高新技术企业资格以享受税收优惠政策的动机，可能导致高新技术研究开发费用支出与高新技术产品（服务）收入存在重大错报。

2.高新技术产品（服务）收入是否涉及重大的关联方交易，使得高新技术产品收入作价不公允，以提高高新技术产品收入。

3.高新技术系统集成产品收入的确认，是否可能存在较大的随意性从而产生高新技术产品收入确认的风险。

4.申报企业如何区分高新技术产品收入和企业的其他收入。

5.申报企业如何界定研发费用支出和企业的其他费用支出。

二、如何对研究开发费用实施进一步审计程序

我们从申报企业从立项和预算管理、人员管理、设备及材料管理、委托外部研究开发管理、结项管理等流程分析中识别研究开发费用的关键控制点，对研究开发费用实施进一步审计程序。

对人员人工：重点检查应付工资、管理费用明细账，全年各月份工资表，全年个人所得税申报表，劳动合同、参加社会保险资料，结合研发部门人员名单，确定研发人员的工资费用是否真实，计算是否准确。对受雇的科研人员累计实际工作时间要有在183天以上证据。对企业存在多个研发项目的，还要按实际参与的项目进行归集，若研发人员同时参与两个或两个以上项目应按统计的工作量进行分摊，无工作量统计的，则选择当期各项目直接投入占总投入比例进行分摊。

对直接投入：重点检查管理费用、原材料明细账、原材料购入、发出、结存明细表、相关费用分配表等，确认其结转研发费用的合理性及金额的准确性。对于直接购入的能源、材料则检查购入的发票、运输单据、入库单、领料单等，确认其真实性及与研发的项目相关性。对动力费用、共同使用的模具、样品、样机及一般测试手段购置费等按各种研发项目使用的工作量等方法计算后计入。

对折旧费用与长期待摊费用：重点检查固定资产明细账、长期待摊费用明细账，检查被申报企业年度新增固定资产及长期待摊费用的发票、固定资产的申购单、入库单、验收单，实地查看该部分设备，确定其是否真实存在，是否用于研发。符合各项折旧、摊销的准确性。对购入时已计入研发费用的是否重复计提折旧。对属于多个项目使用的，按各研发项目使用的工作量等方法计算后计入。

对设计费用：重点检查管理费用明细账—研发费用明细科目，检查涉及费用支出的发票，付款申请审批单据，确认其费用发生的真实性及金额的准确性。委外设计费需查看合同、协议等。

对装备调试费：重点检查是否为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备，以确定是否可以计入研究开发费用。

对无形资产摊销：重点检查无形资产明细账、管理费用明细账，检查无形资产购入发票、付款凭证、转悠技术证书等资料，确认其真实性及摊销金额的准确性。如属于多个项目使用的，按各研发项目使用的工作量等方法计算后计入。

对委托外部研究开发费用：重点检查管理费用明细账、与委托外部研究开发费用相关的明细账，委托外部研究开发费用的合同或协议，检查发票、付款凭证，确认其发生的真实性及金额计算的准确性，是否关联交易，关联交易的发生金额应按照独立交易原则确定。关注是否按照委托外部研究开发费用发生额的80%计入研发费用总额。

对其他费用：重点检查管理费用明细账，费用分摊表，确认费用支出与研发项目的相关性及费用分摊的合理性。关注其他费用金额不高于研发费用总额的10%。如属于多个项目的，按各项目直接投入占总投入比例进行分摊，若费用较小则直接计入某项目。